Ух, давненько я не получал таких проблем с сайтом. Даже и не припомню, когда последний раз такое было. Вчера большую половину дня сайт лежал, у меня не было времени его поднять. Сегодня утром посмотрел в базу и ужаснулся. Прямо какой-то Мамай прошёл!
Пришлось на время положить на всем сервере httpd и ручками делать REPAIR TABLE практически всех табличек.
Вывод: за здоровьем базы нужно следить! Лень следить руками - автоматизируй этот процесс!